Углубленная оценка региона (фаза II) была начата в мае 2004 года с основной целью оценить и передать информацию об экологических и безопасности в Фергано-Ошско-Худжандском треугольнике с акцентом на трансграничные риски от человеческой деятельности, в частности, промышленные «горячие точки» (опасные отходы, риски аварий и разливов, включая радиоактивные отходы, плохо хранящиеся или полностью заброшенные), давление на природные ресурсы (деградация земель, обезлесение, право собственности; качество воды, использование и совместное использование) и сквозные вопросы, такие как стихийные бедствия или воздействие изменения климата на регион.