Общая цель программы — обеспечить устойчивое управление водными ресурсами в Восточной Европе, на Южном Кавказе и в Центральной Азии. Цель FinWater WEI — уменьшить количество водных споров внутри стран и между ними и улучшить водоснабжение и санитарию путем повышения уровня образования, увеличения инвестиций и приведения управления водными ресурсами в соответствие с Водной конвенцией ЕЭК ООН и ее Протоколом «Вода и здоровье».